連続意識不明事件から１年後、聖遼学園で再び同じような事件が起こった。 主人公・河瀬裕也は事件に無関心だったが、ある日１人の少女が友人を意識不明にする現場を目撃する。彼はその少女・香野由香を問いただすが、彼女は謎の言葉を呟くと立ち去ってしまった。 友人はすぐに意識を取り戻したものの、由香の事が気になる裕也は独自に調査を開始する。
主人公・九門一馬は、特殊執行機関「心霊管理局」の依頼で、意識不明事件の被害者の情報＝記憶を読み取る事になる。しかし、周囲の期待にプレッシャーを感じていた為か、彼は情報の入手に失敗してしまう。 落ち込む一馬だったが、クラスメイトの澪泉双葉と純耶佳奈のなぐさめで立ち直り、次の依頼に挑む。それは死神の舞波優希とコンビを組み、不正に現実界に出入りしているコードネーム「フィサリス」の正体を調査するというものだった。